Aquando da preparação da área a submergir pela albufeira de Alqueva, foram preservados alguns diques e barragens pré-existentes de forma a manter uma zona húmida de cabeceira mesmo que a cota da albufeira desça. Nestas áreas foram instaladas espécies ripícolas autóctones, as quais estão protegidas do pisoteio de gado por uma vedação e pela instalação de bebedouros automáticos para gado, fora das áreas beneficiadas e longe da margem. A vegetação autóctone é potenciada por um sistema autónomo de rega através de bombagem com energia solar. Nestas albufeiras foi ainda instalada uma jangada naturalizada para promover a biodiversidade.