Em 2011 iniciou-se o Projecto de Reintrodução da Águia-pesqueira em Portugal como espécie nidificante, o qual é promovido pelo CIBIO, financiado pela EDP e conta com vários parceiros. Ao longo do ano, sobretudo durante a primavera e outono, é frequente observar-se esta espécie na área das albufeiras de Alqueva e Pedrógão. No verão têm sido trazidos para Portugal indivíduos juvenis provenientes da Suécia e Finlândia, que terminam o desenvolvimento em Alqueva, assumindo esta área como seu local de nascimento. Espera-se que estes indivíduos, quando chegarem à idade reprodutiva, voltem para o sul de Portugal para nidificar, criando um núcleo reprodutor. De forma a fomentar a nidificação, foram instalados ninhos artificiais em algumas ilhas de Alqueva.