Os bosques ripícolas de cabeceira são importantes locais para promover espécies aquáticas mais sensíveis, como anfíbios e algumas espécies de peixes autóctones. Na envolvente de Alqueva foram selecionadas três áreas onde foram plantadas árvores e arbustos, implementada a rega subterrânea e bebedouros alimentados através de energia foto-voltaica. As áreas foram vedadas e colocadas passagens canadianas para impedir a entrada de gado e favorecer o crescimento das espécies de flora.