Nas zonas mais a montante dos cursos de água que afluem às albufeiras de Alqueva e Pedrógão reproduzem-se várias espécies de peixes autóctones como os barbos e as bogas. No início da primavera estas espécies fazem migrações dentro da mesma massa de água doce e é possível observar os indivíduos de maiores dimensões subirem os cursos de água para desovar.